Inconsistency-Aware Uncertainty Estimation for Semi-Supervised Medical Image Segmentation
In semi-supervised medical image segmentation
Windows安装mamba
windows系统下安装mamba会遇到各种各样的问题。博主试了好几天,把能踩的坑都踩了,总结出了在windows下安装mamba的一套方法,已经给实验室的windows服务器都装上了。只要跟着我的流程走下来,大概率不会出问题,如果遇到其他问题,可以在评论区讨论,我会的我会回复。
首先创建mamba的环境,然后安装必要的库。请你创建一个新环境,而不是用以前的环境,版本这些就跟着这个里面来。
BraTs2023数据集处理及python读取.nii文件
BraTS2023-MEN(Brain Tumor Segmentation 2023 Meningioma Challenge) 是 BraTS2023 五个分割子任务中之一,与 BraTS 常规分割脑胶质瘤不同,该子任务目标是从多模态 MR 图像 (mpMRI) 中分割脑膜瘤。该数据集在 23 年 5 月份放出合计 6 个中心的 1650 例数据,其中有标注的训练集 1000 例,每例提供四种序列 MR 的输入图像(t1w, t1c, t2w, t2f)以及脑膜瘤的分割结果,标注内容主要包括非增强肿瘤核心(NETC)、周围非增强的FLAIR高信号(SNFH)和增强型肿瘤(ET)。验证集提供图像但没有标注,可以在官网提交验证,而测试集数据不公开。
BraTs2019数据集处理及python读取.nii文件
BraTS 是MICCAI脑肿瘤分割比赛的数据集,BraTs 2018中的训练集( training set) 有285个病例
每个病例有四个模态(t1、t2、flair、t1ce),需要分割三个部分:whole tumor(WT), enhance tumor(ET), and tumor core(TC),相当于三个label。
每例病例中包含4种模态的MRI序列和1个seg文件,所有序列尺寸全部为(240, 240, 155),如下图:在这里插入图片描述
多模态医学图像数据集
来自The Brain Tumor Segmentation Challenge 2019的BraTS2019数据集包含335个标记的MRI图像。每个病例都有四种模式:T1、T1Gd、T2和FLAIR。数据集的标注区域包括三个肿瘤亚区:水肿(ED)、增强肿瘤(ET)和非增强肿瘤(NET)。相应的分割目标roi为增强肿瘤区域(ET)、肿瘤核心区域(TC = ET+NET)和整个肿瘤区域(WT = ED + ET+NET)。